Le Fort Saint-Nicolas fût construit par le même architecte que le Fort Saint-Jean à savoir le Chevalier de Clerville. Au milieu du XVIIème siècle, les marseillais avaient tendance à se rebeller et à bafouer l'autorité royale. Louis XIV décide alors de bâtir une deuxième citadelle uniquement pour dissuader les marseillais en pointant les canons sur la ville. Pendant la révolution Française, les marseillais voient se fort comme une provocation et une agression perpétuelle. Poussé par les esprits révolutionnaire, ils commencèrent la destruction du fort mais ,sur ordre de l'Assemblée nationale, l'arrêta un mois plus tard. Le Fort Saint-Nicolas est devenu une prison jusqu'à la fin de la Seconde Guerre Mondiale. Parmi les prisonnier célèbre, l'écrivain Jean Gionno et l'homme politique Jean Zay. De nos jours, il est la propriété de l'Armée.