Le fort Saint-Jean est un site qui doit son nom à la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem bâtit au XVème siècle. Sur ce lieu abrupte,la commanderie forma des soldats pour les envoyer directement en croisade pour la Terre Sainte. Des tours fut construites pour protéger l'entrée du port jusqu'en 1668. Louis XIV exigea au Chevalier de Clerville la construction d'une citadelle où les canons seront orientés sur la ville pour éviter de nouvelles rébellions des marseillais contre l'autorité royale. Vauban, architecte personnel du Roi, fit construire un immense faussée autour du fort pour l'isolé. C'est en 1791, que le fort Saint-Jean servit de prison a des membres de la famille royale et à des jacobin qui seront massacrés par des royalistes en 1795. Pendant la Seconde Guerre Mondiale, les allemands stockèrent des munitions à l'intérieur du fort, qui explosèrent en 1944 détruisant ainsi une grosse partie du fort et de nombreux bâtiments. Il fut classé monument historique en 1964 et servit comme département des recherches archéologiques. Il accueille de nos jours le musée des civilisations de l'Europe et de la Méditerranée.